一次配置Docker环境的完整记录

Docker环境搭建
报错与解决
- 报错一
- 报错二
- 报错三

Docker环境搭建

本节介绍了一次配置docker环境的完整记录：

编写Dockerfile文件：

FROM pytorch/pytorch:1.10.0-cuda11.3-cudnn8-devel

RUN rm /etc/apt/sources.list.d/cuda.list
RUN rm /etc/apt/sources.list.d/nvidia-ml.list
RUN apt-key del 7fa2af80
RUN sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' /etc/apt/sources.list 
RUN apt update && apt install -y build-essential vim git wget
RUN wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/cuda-keyring_1.0-1_all.deb
RUN dpkg -i cuda-keyring_1.0-1_all.deb

copy ./requirements.txt /root/

构建镜像：

# IMAGE_NAME为镜像名称，TAG为标签，缺省默认为latest，网络network使用host宿主的
docker build -t IMAGE_NAME:TAG . --network=host
# eg:docker build -t demo:v1.0 . --network=host

启动容器，并进入容器配置环境：

docker run -it --network=host --gpus all demo:v1.0 /bin/bash
# 第一次启动运行run命令，若容器exit停止后可以输入一下命令重新进入：
# docker ps -a
# docker start -ia CONTAINER_ID

配置pip国内镜像源：

# 没有自行创建
vim ~/.config/pip/pip.conf

使用阿里镜像源：

[global]
index-url = https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple

[install]
trusted-host = mirrors.aliyun.com

环境配置可根据自身情况进行配置，在此省略。

环境配置好后将容器导出为镜像：

# CONTAINER_ID为容器ID；IMAGE_NAME为镜像名称；TAG为标签，缺省默认为latest
docker commit CONTAINER_ID IMAGE_NAME:TAG

将docker镜像推送至仓库：

# 仓库地址登录，输入你的用户名和密码，登录到Docker Hub。
docker login 

# 推送镜像（如果你是首次推送或你的仓库设定为私有的，你可能需要先在Docker Hub上创建仓库）
docker push IMAGE_NAME:TAG

报错与解决

在配置环境时，需要编译cuda代码，遇到了一系列报错，本节将介绍相关报错与解决方法。

报错一

fatal error: cuda_runtime_api.h: No such file or directory

解决办法是修改bashrc文件，指定环境变量：

vim ~/.bashrc

# CUDA
export CUDA=11.3
export PATH=/usr/local/cuda-$CUDA/bin${PATH:+:${PATH}}
export CUDA_PATH=/usr/local/cuda-$CUDA
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-$CUDA
export LIBRARY_PATH=$CUDA_HOME/lib64:$LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-$CUDA/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/extras/CUPTI/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export NVCC=/usr/local/cuda-$CUDA/bin/nvcc
export CFLAGS="-I$CUDA_HOME/include $CFLAGS"

修改完保存后，更新一下环境变量：

source ~/.bashrc

报错二

File "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/torch/utils/cpp_extension.py", line 1606, in _get_cuda_arch_flags
    arch_list[-1] += '+PTX'
IndexError: list index out of range

问题的根源在于当没有检测到CUDA硬件时，torch.cuda.device_count()返回0，导致不会向arch_list中添加任何架构，arch_list[-1] += '+PTX’也就无法索引。即arch_list=[]，导致无法索引。解决办法是添加环境变量，根据你的GPU compatibility修改具体的值：

CUDA_VERSION=$(/usr/local/cuda/bin/nvcc --version | sed -n 's/^.*release \([0-9]\+\.[0-9]\+\).*$/\1/p')
if [[ ${CUDA_VERSION} == 9.0* ]]; then
    export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5;5.0;6.0;7.0+PTX"
elif [[ ${CUDA_VERSION} == 9.2* ]]; then
    export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5;5.0;6.0;6.1;7.0+PTX"
elif [[ ${CUDA_VERSION} == 10.* ]]; then
    export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5;5.0;6.0;6.1;7.0;7.5+PTX"
elif [[ ${CUDA_VERSION} == 11.0* ]]; then
    export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5;5.0;6.0;6.1;7.0;7.5;8.0+PTX"
elif [[ ${CUDA_VERSION} == 11.* ]]; then
    export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="3.5;5.0;6.0;6.1;7.0;7.5;8.0;8.6+PTX"
else
    echo "unsupported cuda version."
    exit 1
fi

报错三

运行算法显示缺少相关依赖包：

# ImportError: libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
apt-get install libgl1
# ImportError: libgthread-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
apt-get install -y libglib2.0-0 libsm6 libxrender1 libxext6
# ImportError：XXX.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol
# 问题是编译cuda源码有问题，解决办法为启动容器时使用--gpus all，再进行源码的编译。