总结围绕临床预测模型做的一些事情

📜总结近期围绕临床预测模型做的一些事情🍹

  1. 思考预测模型如何进入到临床实践?
  • 预测模型在临床上的角色定位是“辅助临床决策”, 即预测模型提供的信息要与人的选择进行结合做出决策, 从已有的研究来看,预测模型可以提供的信息有两种,一种是预测概率,这时候用户(一般是医生)选择决策阈值,两者结合形成决策。这时候决策阈值的形成一般采用“临床决策曲线分析(DCA)”,而为了能够执行DCA,又需要明确预测模型后续的临床措施,目的是参考其损害-获益效益比;另一种是某指标预测值,比如糖化血红蛋白浓度。

  • 在医学预测模型构建过程中,因为医学数据多是不平衡数据,可以通过超参数调节、后概率校准、模型堆叠等方式来优化模型效能。

  • 伦理审查过程中注意数据不平衡造成的“模型歧视”,即对某类人群模型的预测效能显著低于其它类别,比如对女性的预测准确度低于男性,造成对女性的误诊误治增多。

  • 使用Web APP来作为临床预测模型在临床实践中的载体,除了基本的预测功能之外,增加了模型介绍、外部验证模块、变量名称和标签调整模块,便利其在临床上的应用。
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  1. 在和鲸社区分享代码
  • 以上提到的模型构建的代码,包括R语言和python语言都可以在和鲸社区账号“医研趣与美”上找到,还包括一个专门的R语言的教程《临床预测模型构建的技术步骤》。
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  1. 构建了一个个人网站和appmatrix
  • 选取了CSDN一部分预测模型相关的内容放在个人网站中,网站链接,包括个人制作的一些APP的介绍和代码的链接。为了分享shiny和streamlit web APP的制作,子网站 使用了shinyproxy构建了一个web APP分享的站点,可以一站访问所有的APP,且较少受计算资源的限制,目前访问人数不多,基本能做到长时间在线。
  • 关于appmatrix多说几句,因为web APP可以说是临床预测模型最终的一个提现形式,appmatrix为模型的使用提供了一个窗口,对于推广和使用预测模型有相当的促进作用。appmatrix中的一些APP采取了订阅收费模式,也有一些采用免费模型,订阅前支持体验,可以向本人申请体验账号(限24小时),订阅后可以访问订阅和免费的APP。
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  1. 构建了更多的APP
  • Web APP除了可以作为医学预测模型的载体之外,还可以制作dashboard,数据分析工具,个人或者团体网站等功能,当有了appmatrix作为窗口之后,构建的一些APP就有了更多的意义,因此尝试制作了更多的各式各样的APP,比如调查问卷APP。
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    总体来说,所做的事情还是形成了一定的体系,欢迎大家交流指导。

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