转录组总结

1. 软件安装

2.转录组分析步骤:

① 建立环境

#建立python2.7的环境,大部分的转录组信息都需要在Python2的环境下进行
conda create -n py2env python=2.7
source activate py2env

② 获取fastqc报告

#单个报告
fastqc -t 15 /home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_1_R1.fq.gz -o ~/
#批量报告
fastqc -t 15 /home/yinwen/biosoft/DNG_part/*fq.gz -o /home/yinwen/RNA-seq_report/
#打包报告
tar -cvf html_files.tar *.html

③ 获取综合的 Multiqc 报告

#将fastqc生成的多个报告整合成一个报告,方便查看所有测序数据的质量
multiqc .

④ 分析报告

我的报告:

公司报告:

#trimmomatic修饰参数
trimmomatic PE -phred33 DG5_1_R1.fq.gz DG5_1_R2.fq.gz output_forward1__paired.fq.gz output_forward1_unpaired.fq.gz output_reverse2_paired.fq.gz output_reverse2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/yinwen/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic-0.39-2/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 HEADCROP:18 MINLEN:75
#公司参数
ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:75

⑤ 建立索引

# 重命名后构建索引
hisat2-build dananguo_genome.fa genome
(py2env) [yinwen@node hisat2]$ ls -l
total 765852
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen 174481544 Jan 27 16:29 genome.1.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen 127714808 Jan 27 16:29 genome.2.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen       287 Jan 27 16:18 genome.3.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen 127714802 Jan 27 16:18 genome.4.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen 224243805 Jan 27 16:31 genome.5.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen 130051792 Jan 27 16:31 genome.6.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen        12 Jan 27 16:18 genome.7.ht2
-rw-rw-r-- 1 yinwen yinwen         8 Jan 27 16:18 genome.8.ht2

⑥ 进行比对

#运行后得到.sam文件
hisat2 -x genome -p 5 -1 /home/yinwen/clean/DG5_1_R1_val_1.fq -2 /home/yinwen/clean/DG5_1_R2_val_2.fq -S genome.sam
#公司与参考基因组比对:
-p 16 --dta-cufflinks

自己的数据比对率为96.49%,公司的比率比我们得到的比率要低,说明处理依旧需要细化。

⑦ 排序压缩

#压缩:把 sam文件 转为 bam文件
samtools view -S genome.sam -b > genome.bam
#排序:samtools sort
samtools sort -n -@ 5 genome.bam -o genome

⑧ 计数统计

gene_name.counts.summary 文件是计数统计情况

gene_name.counts 文件是基因的具体信息

featureCounts -T 5 -t exon -g Parent -a genome.gff -o genome.counts -p genome
#公司其他参数
-p -C -B -P -O -T 16 -Q 20

拓展:【生物信息】RPKM, FPKM和TPM

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:/a/436539.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系我们进行投诉反馈qq邮箱809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

2024年数据库系统工程师全套资料

2024年5月数据库系统工程师全套视频、历年真题及解析、历年真题视频解析、教材、模拟题、重点笔记等资料 1、2023年5月、2022年5月、2021年5月数据库系统工程师全套基础精讲视频。2024年5月全套精讲视频持续更新中。 2、数据库系统工程师2004-2023年历年真题及解析文档&#x…

如何在Win系统部署Tomcat服务并实现远程访问内网站点

文章目录 前言1.本地Tomcat网页搭建1.1 Tomcat安装1.2 配置环境变量1.3 环境配置1.4 Tomcat运行测试1.5 Cpolar安装和注册 2.本地网页发布2.1.Cpolar云端设置2.2 Cpolar本地设置 3.公网访问测试4.结语 正文开始前给大家推荐个网站,前些天发现了一个巨牛的人工智能学…

读架构整洁之道的一些感悟

做产品开发时,我们经常跌落在一种无法打破的轮回中。 我们经常说,产品上线最重要,可以未来再重构代码, 但是结果大家都知道,产品上线以后重构工作就再没人提起了。首先,线上跑的好好的,动出问题…

动态规划(算法竞赛、蓝桥杯)--树形DP树的中心

1、B站视频链接&#xff1a;E34 树形DP 树的中心_哔哩哔哩_bilibili #include <bits/stdc.h> using namespace std; const int N20010; int n,a,b,c,ans2e9; struct edge{int v,w;}; vector<edge> e[N]; int d1[N],d2[N],path[N],up[N];//path记录d1 void dfs1(in…

【Vue】sessionStorage存取数据

一. 需求 1.1 模板 Vab Admin Pro 1.2 组件 ElementUI 1.3 阐述 列表页面搜索【关键词】点击【查询】后&#xff0c;点击【查看】按钮跳转到【详情页】&#xff0c;详情页【返回】【保留原搜索关键词】 原图 搜索查询【关键词】 详情 返回后【保留】【搜索查询关键词…

潜水耳机哪个牌子好?认准这几个游泳耳机品牌就对了!

在科技日益发达的今天&#xff0c;人们对于运动设备的需求也在不断提升。作为一项独特的水上运动&#xff0c;潜水爱好者们对耳机的要求也越来越高。一款优秀的潜水耳机不仅能够提供卓越的防水性能和舒适度&#xff0c;还必须具备出色的音质。那么&#xff0c;在众多品牌中&…

2024宠物行业未来发展趋势:京东宠物健康(宠物营养保健和医疗)市场品类数据分析报告

近段时间&#xff0c;广州某知名宠物医院的医疗事故正在被大众热议&#xff0c;也让越来越多从业者开始关心宠物医疗行业的未来形势。 在2022年下半年&#xff0c;京东平台专门设立了一个一级大类目&#xff1a;宠物健康&#xff08;将其从原本的宠物生活类目中独立出来&#…

【C++】c++入门之递归上 数值类

文章目录 前言一、 递归1.1 基本概念1.2 递归的过程1.3 使用场景 二、例题讲解问题一&#xff1a;1002 - 编程求解123...n问题二&#xff1a;1241 - 角谷猜想问题三&#xff1a;1108 - 正整数N转换成一个二进制数问题四&#xff1a;1088 - 求两个数M和N的最大公约数 三、练习问…

Chrome禁止自动升级

一、关闭计划任务 1、首先我们需要右键点击我的电脑&#xff0c;在打开的选项里选择管理。   2、在打开的对话框中选择任务计划程序。   3、在任务计划程序库中找到两个和chrome自动更新相关的任务计划GoogleUpdateTaskMachineCore与GoogleUpdateTaskMachineUA。     4…

onlyOffice-windows 安装说明(二)

onlyoffice windows 安装 onlyoffice 支持多个平台比如&#xff1a;Windows Server、Linux、Docker 以下内容是对官网安装说明做了简单翻译&#xff0c;仅供参考&#xff0c;原文链接地址参见文末。 社区版允许您在本地服务器上安装ONLYOFFICE文档&#xff0c;并将在线编辑器…

【李沐精读系列】BERT精读

论文&#xff1a;BERT: Pre-training of Deep Bidirectional Transformers for Language Understanding 参考&#xff1a;BERT论文逐段精读、李沐精读系列、李宏毅版BERT讲解 一、介绍 BERT(Bidirectional EncoderRepresentation Transformer&#xff0c;双向Transformer编码器…

JAVA 用二分法查找数组中是否存在某个值

二分法查找的概念 二分查找也称折半查找&#xff08;Binary Search&#xff09;&#xff0c;它是一种效率较高的查找方法。首先&#xff0c;将表中间位置记录的关键字与查找关键字比较&#xff0c;如果两者相等&#xff0c;则查找成功&#xff1b;否则利用中间位置记录将表分成…

pinia报错does not provide an export named ‘hasInjectionContext

你们好&#xff0c;我是金金金。 场景 我这里是uniappvue3编写的一个小程序项目&#xff0c;在集成pinia过程当中遇到此问题&#xff0c;报错请求的模块 未提供 导出名hasInjectionContext&#xff08;位于 pinia.mjs:6:10&#xff09; 以下我项目当中vue和pinia的具体依赖版本…

selenium等待机制

selenium等待机制 影响元素加载的外部因素1.计算机的性能2.服务器的性能3.浏览器的性能4.网络因素 强制等待1.强制等待2.页面加载超时机制 隐性等待显性等待1.WebDriverWait类2.WebDriverWait类提供的方法untileuntile_not显性等待的语法格式 3.expected_conditions模块方法exp…

「Mybatis深入三」:高级查询-模糊查询

一、需求 根据username 模糊查询user 表 二、代码演示 1、方式1 数据库环境 CREATE DATABASE mybatis_db; USE mybatis_db; CREATE TABLE user (id INT(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,username VARCHAR(32) NOT NULL COMMENT 用户名称,birthday DATETIME DEFAULT NULL COMMEN…

Java开发从入门到精通(一):Java的基础语法进阶

Java大数据开发和安全开发 &#xff08;一&#xff09;Java注释符1.1 单行注释 //1.2 多行注释 /* */1.3 文档注释 /** */1.4 各种注释区别1.5 注释的特点1.5 注释的快捷键 &#xff08;二&#xff09;Java的字面量&#xff08;三&#xff09;Java的变量3.1 认识变量3.2 为什么…

【宏观经济】全国各地级市及上市公司“信息惠民国家试点”DID(2010-2024)

数据说明&#xff1a;信息惠民国家试点城市是&#xff0c;2014年6月23日&#xff0c;根据国家发改委网站发布的通知&#xff0c;国家发展改革委等12部门决定的&#xff0c;将全国80个城市列为信息惠民国家试点城市。推进信息惠民国家试点城市建设&#xff0c;有利于加快提升公共…

vue+Nodejs+Koa搭建前后端系统(九)-- 上传图片

web2.0的到来使网页世界正式进入了寒武纪&#xff0c;各式各样的多媒体资源屡见不鲜&#xff0c;上传资源变得刻不容缓&#xff01; 前言 本文是在该系列的基础上&#xff0c;针对前后端代码的修改。 准备 HTTP上传图片时Content-Type值常见的有2种&#xff1a;application…

Django模型层(附带test环境)

Django模型层(附带test环境) 目录 Django模型层(附带test环境)开启测试环境数据的增加数据的删除修改数据查询数据查询所有数据去重查询排序查询统计剔除指定数据多表查询校验数据是否存在字段的筛选查询 开启测试环境 首先在app下找到tests.py文件并进入 MyDJ.settings要换成…

【QA-SYSTEMS】CANTATA-解决Jenkins中build Cantata报错

【更多软件使用问题请点击亿道电子官方网站查询】 1、 文档目标 解决Jenkins中build Cantata测试项目报找不到license server的错误。 2、 问题场景 在Jenkins中build Cantata测试项目&#xff0c;报错“Failed to figure out the license server correctly”。 3、软硬件环…