NiChart 多模态神经影像（structural MRI，functional MRI，and diffusion MRI）处理和分析工具包安装

NiChart多模态神经影像部署

NiChart 本地安装
- - Git clone 问题
  - personal access token PAT 问题
NiChart 云端注册
- - AWS验证问题

在这里插入图片描述
NiChart 是UPenn大学，Christos Davatzikos教授开发的一个多模态MRI影像，structural (sMRI), diffusion (dMRI)， and functional (fMRI) data处理和分析工具包。

在数据处理部分，除了集成了QSIPrep，fMRIPrep，还包括Christos教授几十年来开发的众多工具，包括多站点数据的Harmonization，DLICV，DLMUSE，DLWMLS分割工具。
在数据分析部分，集成一系列的ML models用来应对个体的heterogeneity，从而在brain aging and neurodegeneration, and atrophy的研究中提高生物标记提取的可靠性。

软件同时包含本地（https://github.com/CBICA/NiChart_Project.git）和云端（https://neuroimagingchart.com/portal/）和两个版本，可以方便调用。

NiChart 本地安装

Git clone 问题

第一个碰到的问题是有关Git的，会报如下fatal: early EOF错误，需要首先增加 git config --global http.postBuffer 1000000000 （~1 GB），[ref1]，采用github desktop下载可能问题会更少一些。

git clone https://github.com/CBICA/NiChart_Project.git
Cloning into 'NiChart_Project'...
remote: Enumerating objects: 8296, done.
remote: Counting objects: 100% (918/918), done.
remote: Compressing objects: 100% (392/392), done.
error: RPC failed; curl 18 transfer closed with outstanding read data remaining
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed

personal access token PAT 问题

在用github安装时，会报错。Depending on your repository’s hosting service, you might need to use a personal access token (PAT) as your password.
这时在这里登陆没用，还会重新报错，需要配置PAT密码，如ref2。

NiChart 云端注册

AWS验证问题

注册后，输入验证码可能会遇到下面failed to confirm的问题。而且在这时，千万不要刷新浏览器，否则就会跳错，这个注册邮箱就没法用了。
这时正确的做法是，再新开一个浏览器，例如Edge，然后把地址粘贴进去，然后输入验证码，跳第三个图的401错误。实际上这时已经注册成果。
然后，重新打开链接，就能登录系统了，如Fig 4。
Fig 1 Fig 2
Fig 3