代码看不懂?ChatGPT 帮你解释,详细到爆!

偷个懒,用ChatGPT 帮我写段生物信息代码

如果 ChatGPT 给出的的代码不太完善,如何请他一步步改好?

网上看到一段代码,不知道是什么含义?输入 ChatGPT 帮我们解释下。

生信宝典 1:  下面是一段 Linux 代码,请帮我解读一下:

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) {for(i=3;i<=NF;i++) a[i]=$i; print "OTU","Group";} \
        else {for(i=3;i<=NF;i++) if($i>0.1) print $1, a[i];}}' \
        result/otutab_mean.txt > result/alpha/otu_group_exist.txt

ChatGPT 1:

这段代码是一个 awk 命令,用于处理数据文件 result/otutab_mean.txt,并将结果输出到文件 result/alpha/otu_group_exist.txt。

具体解读如下:

  1. awk 命令:

    awk 是一种处理文本文件的工具,可以按行读取文件并根据指定的规则进行处理。

  2. 'BEGIN{OFS=FS="\t"}'

    BEGIN 表示在 awk 处理数据之前执行的代码块,本行代码设置输出字段分隔符 OFS 和输入字段分隔符 FS 为制表符(\t)。

  3. {if(FNR==1) {for(i=3;i<=NF;i++) a[i]=$i; print "OTU","Group";}

    if 语句表示如果当前处理的行号为 1,即处理的是表头,则执行花括号内的代码块。

    该代码块使用 for 循环将第 3 列到最后一列的值存储到数组 a 中,然后输出 “OTU” 和 “Group” 两个字符串作为表头。

  4. else {for(i=3;i<=NF;i++) if($i>0.1) print $1, a[i];}}'

    else 语句表示如果当前处理的行号不是 1,即处理的是数据行,则执行花括号内的代码块。

    该代码块使用 for 循环遍历第 3 列到最后一列的值,如果该列的值大于 0.1,则输出该行第 1 列和对应的数组 a 中的值。

  5. result/otutab_mean.txt

    要处理的输入文件路径。

  6. > result/alpha/otu_group_exist.txt

    输出结果到文件 result/alpha/otu_group_exist.txt。

    该符号 “>” 表示覆盖已有文件内容,如果文件不存在则创建该文件。

综上所述,该命令的作用是从输入文件 result/otutab_mean.txt 中提取第 3 列到最后一列中值大于 0.1 的数据,并将结果输出到文件 result/alpha/otu_group_exist.txt,同时添加表头 “OTU” 和 “Group”。

点评 

这个解释是很惊艳的,很详细的。

生信宝典 2:  请帮我优化一下这段 Python 代码

aDict = {}
for line in open("GRCh38.fa"):
    if line[0] == '>':
        key = line[1:-1]
        aDict[key] = ''
    else:
        aDict[key]+=line.strip()

ChatGPT 2:

可以通过使用 with 语句来打开文件,同时使用 rstrip() 方法代替 strip() 方法来剔除行末可能存在的空格、制表符等空白符号。另外,对于字符串拼接,可以使用 join() 方法提高效率。优化后的代码如下:

aDict = {}
with open("GRCh38.fa") as f:
    key = ""
    for line in f:
        if line.startswith(">"):
            key = line[1:-1]
            aDict[key] = []
        else:
            aDict[key].append(line.rstrip())
    for key, value in aDict.items():
        aDict[key] = ''.join(value)

优化后的代码将打开文件的操作与程序逻辑相分离,使得代码更加易读易维护,同时使用 append() 方法将每行字符串添加到列表中,最后使用 join() 方法将列表中的字符串合并为一个字符串,可以避免使用字符串拼接操作导致的性能问题。

点评 

1. 这个优化很赞。我没有提到读取大文件,依然考虑了python 里面用+每次重新初始化存储空间带来的性能消耗问题。具体看之前的推文 为啥我的Python这么慢 - 字符串连接 (一)

2. 一个小问题是,多走了一遍循环。

我还是抛出了我关于大文件的问题:

生信宝典 3:  请帮我优化一下这段 Python 代码 ,尤其是读取很大的文件时

aDict = {}
for line in open("GRCh38.fa"):
    if line[0] == '>':
        key = line[1:-1]
        aDict[key] = ''
    else:
        aDict[key]+=line.strip()

ChatGPT 3:

这段代码的主要问题在于,它是一次性将整个文件读入内存,然后在内存中进行处理,如果处理的文件很大,会占用大量的内存,导致程序崩溃或变得非常缓慢。为了优化这段代码,可以采用流式处理的方式,逐行读取文件,避免一次性将整个文件读入内存。

以下是优化后的代码示例:

aDict = {}
with open("GRCh38.fa") as f:
    key = ""
    sequence_lines = []
    for line in f:
        if line.startswith(">"):
            if key:
                sequence = ''.join(sequence_lines)
                aDict[key] = sequence
                sequence_lines = []
            key = line[1:-1]
        else:
            sequence_lines.append(line.strip())
    if key in aDict:
        sequence = ''.join(sequence_lines)
        aDict[key] = sequence
    else:
        aDict[key] = ''.join(sequence_lines)

在优化后的代码中,使用了一个 with 语句来打开文件,以保证在处理完文件后自动关闭文件。然后使用一个循环来逐行读取文件,判断当前行是否是头部,如果是头部则将当前键值对的键设置为头部的内容,否则将当前行的内容添加到当前键值对的值中。为了避免最后一个键值对的值没有被添加到 aDict 中,还需要在循环结束后再次判断当前键值对的值是否需要添加到 aDict 中。通过这种方式,可以避免将整个文件读入内存,从而优化代码的性能和内存占用情况。

点评

  1. 我认为这个代码已经很赞了。

  2. 唯一一点:存最后一个 key 的序列时做的判断是多余的。

生信宝典 4:  请帮我写一段 R 绘制 Circos plot 的代码

ChatGPT 4:

Circos plot 是一种基于圆形坐标系的数据可视化方法,可以展示多个基因组之间的关系,以及基因组内不同区域的变化。以下是一段简单的 R 代码,用于绘制 Circos plot:

# 导入 circlize 包
library(circlize)

# 设置参数
circos.par(cell.padding = c(0, 0, 0, 0), track.height = 0.08)
chrs = c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4", "chr5")
colors = rainbow(length(chrs))

# 创建 Circos plot
circos.initialize(factors = chrs, xlim = c(0, 1))
for(i in 1:length(chrs)) {
  circos.trackPlotRegion(factors = chrs[i], ylim = c(0, 1), bg.border = NA, bg.col = colors[i])
}
circos.clear()

该代码利用 circlize 包中的函数来绘制 Circos plot。首先,通过调用 library() 函数导入 circlize 包。然后,设置绘图参数,例如设置边距、轨道高度等。接着,定义一个包含基因组名称的向量 chrs,以及一个包含颜色的向量 colors,这两个向量分别用于定义绘制 Circos plot 的基因组和颜色。在绘制 Circos plot 时,首先通过 circos.initialize() 函数来初始化绘图,其中 factors 参数指定绘制的基因组,xlim 参数指定绘图区域的宽度。然后通过一个循环,在每个轨道上绘制一个矩形区域,表示基因组的区域。最后,调用 circos.clear() 函数来清除绘图区域,以便进行下一次绘图。该代码只是一个简单的示例,实际绘制 Circos plot 需要根据数据的不同进行调整。

8cc236e99973bd342ab9318f112db8c0.png

点评 

运行了下,确实可以出图,如上的彩虹圈。后面应该问的再具体一些。

d1c1f80814cf90215010e0ba2bfbc463.png

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

11bad108d5869a980a8172b98a72ecdb.jpeg

dc96b33a4086039126491cac3ee82b22.jpeg

14f51e376019ad9923d45a05a0658879.jpeg

d2d9e8df960f02a8a965879131b9a5f3.jpeg

6e3589e8136d76c0ca422926d4a9e9df.jpeg

ae8e8d44616c4a1ded0189d1585c83ca.jpeg

facf4baeceea8bf84943663ccc5d1a52.jpeg

934c9b4ef79f3b600417292045fb7723.jpeg

952bebca5f8f6c00daca071a8e5ccc4b.jpeg

43d5aa93cf943672cf0a34efc3eec37a.jpeg

68c0251492f4541a396039831e0a3c7c.jpeg

cd5950b8c8057bd98d3f62d968ec0322.jpeg

b3fba3d0876d7824327b91777183ef2d.png

22d47e190bdf8b8ee7101a6b85136ffc.png

886d3e67a4e1e8ac50e800f2b6698a60.png

9308b937d1d27b96444103e3a4c69bb3.png

a7ddc6e5710ee2e5fa95df700e03815d.jpeg

eab6171b21dbe2ab91f3d28f5caa4a0c.jpeg

bc16fe2b2088e8dbca301125dce577fe.jpeg

00749367d63a7268ed152b6b691273e1.jpeg

c95a8779eb324569279e7b6cbc8cfc2a.png

5dd7a771d2b5171bde02cb1f2e09b6d6.png

a42039d751ed879a77e530e5434b33fe.jpeg

0651308638c20dcc1645d0ac16b8ee8c.png

1076ff54372b0b54fd379827358e300b.png

ee9ee3c9c9588a3459601bd6b9dc1f1a.jpeg

c8cd513b30904d99c5820f3c261e076b.png

7ff4e7b11dfa3c50c485f038c68ff445.png

机器学习

后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集

856504da66ca53f489fd4da9779a52b3.jpeg

7ad26301db2be9bb9318215f1dee8b3c.jpeg

2056f65dad80412b0c47d5da7a73af9f.png

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:/a/99.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系我们进行投诉反馈qq邮箱809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Linux命令之nano命令

一、nano命令简介 nano是一个小型、免费、友好的编辑器&#xff0c;旨在取代非免费Pine包中的默认编辑器Pico。nano不仅复制了Pico的外观&#xff0c;还实现了Pico中一些缺失&#xff08;或默认禁用&#xff09;的功能&#xff0c;例如“搜索和替换”和“转到行号和列号”。nan…

【面试题】如何避免使用过多的 if else?

大厂面试题分享 面试题库前后端面试题库 &#xff08;面试必备&#xff09; 推荐&#xff1a;★★★★★地址&#xff1a;前端面试题库一、引言相信大家听说过回调地狱——回调函数层层嵌套&#xff0c;极大降低代码可读性。其实&#xff0c;if-else层层嵌套&#xff0c;如下图…

iOS-砸壳篇(两种砸壳方式)

CrackerXI砸壳呢&#xff0c;当时你要是使用 frida-ios-dump 也是可以的&#xff1b; https://github.com/AloneMonkey/frida-ios-dump frida-ios-dump: 代码中需要更改的&#xff1a;手机中的内网ip 密码 等 最后放到我的砸壳路径里&#xff1a; python dump.py -l查看应用…

【答疑现场】我一个搞嵌入式的,有必要学习Python吗?

【答疑现场】我一个搞嵌入式的&#xff0c;有必要学习Python吗&#xff1f; 文章目录1 写在前面2 一个结论3 Python在嵌入式领域能干啥事4 Python是用来干大事的5 友情推荐6 福利活动大家好&#xff0c;我是架构师李肯&#xff0c;一个专注于嵌入式物联网系统架构设计的攻城狮。…

【蓝桥杯嵌入式】ADC模数转换的原理图解析与代码实现(以第十一届省赛为例)——STM32G4

&#x1f38a;【蓝桥杯嵌入式】专题正在持续更新中&#xff0c;原理图解析✨&#xff0c;各模块分析✨以及历年真题讲解✨都在这儿哦&#xff0c;欢迎大家前往订阅本专题&#xff0c;获取更多详细信息哦&#x1f38f;&#x1f38f;&#x1f38f; &#x1fa94;本系列专栏 - 蓝…

Linux--多线程(1)

目录 一、概念 二、理解 三、创建、退出、合并进程 //man pthread_create //Compile and link with -pthread. //1.为什么没有fun函数&#xff1f; //2.加上sleep来改进 //3.线程结束会不会影响主线程运行&#xff1f; //4.那如果主线程比较少呢&#xff1f; 四、如何…

IP协议+以太网协议

在计算机网络体系结构的五层协议中&#xff0c;第三层就是负责建立网络连接&#xff0c;同时为上层提供服务的一层&#xff0c;网络层协议主要负责两件事&#xff1a;即地址管理和路由选择&#xff0c;下面就网络层的重点协议做简单介绍~~ IP协议 网际协议IP是TCP/IP体系中两…

RecyclerView流程学习

RecyclerView流程学习模块划分绘制流程onMeasuremLayout为nullmLayout开启自动测量未开启自动测量onLayoutonDrawonLayoutChildren缓存预加载滚动和fling模块划分 RecyclerView中根据其功能可以分为以下几个模块&#xff1a; Recycler mRecycler // 缓存管理者&#xff0c;fi…

yolov5的基本配置

yolov5的基本配置train.pydata.yaml数据集标签文件格式:总结train.py def parse_opt(knownFalse):parser argparse.ArgumentParser()parser.add_argument(--weights, typestr, defaultROOT / yolov5s.pt, helpinitial weights path)parser.add_argument(--cfg, typestr, defau…

uniCloud在线升级APP配置教程

app在线升级背景实现思路流程流程背景 因用户需要添加手机h5页面来进数据操作实现思路流程 实现流程图流程 相关文档&#xff1a;帮助文档 https://uniapp.dcloud.net.cn/uniCloud/cf-functions.html 注册服务空间 https://unicloud.dcloud.net.cn/pages/login/login uni升级…

基于Yolv5s的口罩检测

1.Yolov5算法原理和网络结构 YOLOv5按照网络深度和网络宽度的大小&#xff0c;可以分为YO-LOv5s、YOLOv5m、YOLOv5l、YOLOv5x。本文使用YOLOv5s&#xff0c;它的网络结构最为小巧&#xff0c;同时图像推理速度最快达0.007s。YO-LOv5的网络结构主要由四部分组成&#xff0c;分别…

三天吃透MySQL八股文(2023最新整理)

本文已经收录到Github仓库&#xff0c;该仓库包含计算机基础、Java基础、多线程、JVM、数据库、Redis、Spring、Mybatis、SpringMVC、SpringBoot、分布式、微服务、设计模式、架构、校招社招分享等核心知识点&#xff0c;欢迎star~ Github地址&#xff1a;https://github.com/…

博客系统(界面设计)

✏️作者&#xff1a;银河罐头 &#x1f4cb;系列专栏&#xff1a;JavaEE &#x1f332;“种一棵树最好的时间是十年前&#xff0c;其次是现在” 目录实现博客列表页预期效果导航栏页面主体左右布局左侧区域右侧区域完整代码实现博客详情页预期效果导航栏 左侧右侧完整代码实现…

全国程序员薪酬大曝光!看完我酸了····

2023年&#xff0c;随着互联网产业的蓬勃发展&#xff0c;程序员作为一个自带“高薪多金”标签的热门群体&#xff0c;被越来越多的人所关注。在过去充满未知的一年中&#xff0c;他们的职场现状发生了一定的改变。那么&#xff0c;程序员岗位的整体薪资水平、婚恋现状、职业方…

认识TomcatMavenServlet第一个Servlet程序

文章目录一、什么是Tomcat、什么是Servlet二、Tomcat的下载与使用关于下载启动欢迎页面查看可能出现的问题博客系统静态页面的部署三、什么是Maven四、第一个servlet程序1.创建Maven项目2.引入依赖3.创建目录结构4.编写程序5.打包程序6.部署程序7.验证小结五、servlet程序简化版…

学习 Python 之 Pygame 开发魂斗罗(四)

学习 Python 之 Pygame 开发魂斗罗&#xff08;四&#xff09;继续编写魂斗罗1. 创建子弹类2. 根据玩家方向和状态设置子弹发射的位置(1). 站立向右发射子弹(2). 站立向左发射子弹(3). 站立朝上发射子弹(4). 蹲下发射子弹(5). 向斜方发射子弹(6). 奔跑时发射子弹(7). 跳跃时发射…

图片的美白与美化

博主简介 博主是一名大二学生&#xff0c;主攻人工智能研究。感谢让我们在CSDN相遇&#xff0c;博主致力于在这里分享关于人工智能&#xff0c;c&#xff0c;Python&#xff0c;爬虫等方面知识的分享。 如果有需要的小伙伴可以关注博主&#xff0c;博主会继续更新的&#xff0c…

Python雪花代码

前言 用python画个雪花玩玩&#xff0c;源码在文末公众号哈。 雪花类 class Snow(): #雪花类 def __init__(self): self.r 6 #雪花的半径 self.x ra.randint(-1000,1000) #雪花的横坐标 self.y ra.randint(-500,5…

读书笔记——《富爸爸穷爸爸》

《富爸爸穷爸爸》&#xff0c;以前不屑读这种书。这种书就是那种走进书店放在门口展销位的成功学著作&#xff0c;一眼看上去没什么实在的内容&#xff0c;看上去很不靠谱&#xff0c;感觉就是骗一些社会底层又做着暴富梦的人来买的&#xff0c;但是由于自身原因或环境局限根本…

MySQL基本查询

文章目录表的增删查改Create&#xff08;创建&#xff09;单行数据 全列插入多行数据 指定列插入插入否则更新替换Retrieve&#xff08;读取&#xff09;SELECT列全列查询指定列查询查询字段为表达式查询结果指定别名结果去重WHERE 条件基本比较BETWEEN AND 条件连接OR 条件连…