https://ldlink.nih.gov/?tab=ldtrait
目前PhenoScanner数据库限制使用,可选择LDlink数据库替代。
可以在网页下载变异数据
还有就是library(gwasrapidd)包提取
# remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd")
library(gwasrapidd)
# 官方文档写单个
variant_seek <- gwasrapidd::exists_variant('rs12345')
# 多个试下
exp_dat <- TwoSampleMR::extract_instruments(
outcomes = "ieu-a-299")
# 选取exp_dat的5个SNP测试下
exp_dat <- readRDS("exp_dat_two.rds")
exp_dat <- exp_dat[!duplicated(exp_dat$SNP),]
exp_dat <- read.csv("clipboard",sep = "\t")
# 先判断SNP有没有在库里面
snpbool <- gwasrapidd::exists_variant(exp_dat$SNP[1:20])