文章目录
-
- 介绍
- 加载R包
- 导入数据
- 细胞簇可视化
- 细胞簇标记基因
- 细胞识别
- 输出结果
- 系统信息
介绍
单细胞细胞亚型注释是指在单细胞聚类分析后，对每个聚类得到的细胞群体进行生物学意义上的分类和识别的过程。这一步骤的目的是为了确定每个细胞群体对应的具体细胞类型或状态，从而更好地理解样本中的细胞异质性。以下是单细胞细胞亚型注释的一般流程和方法：
- 特征基因表达分析：在聚类分析后，每个细胞亚群都会有一些特征性的基因表达模式。通过分析这些特征基因的表达，可以对细胞亚群进行初步的注释。例如，通过查看特定基因在不同细胞亚群中的表达水平，可以识别出B细胞、T细胞、神经元等不同细胞类型。
- 使用数据库和文献：研究人员通常会使用数据库如ProteinAtlas或CellMarker等，来查询每个亚群的特征基因在哪些细胞类型中高表达或富集，从而进行更准确的细胞类型注释。
加载R包
library(tidyverse)
libra
