背景
由于课题需要,现需要展示lammps模拟轨迹中的局部结构(主要是想可视化这里的结果:保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境),因为ovito效果有点笨笨的,所以我这里选用VMD软件为例进行操作,效果图(超级好看夸夸):
(说明:主要的分子构型、靠近液体的电极板和其余极板,三者选用的显示样式均不同,下附详细流程)
步骤
1. 利用这里提到的程序和方法输出满足需要的轨迹文件:
保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境
用notepad++修改相关的【非结果性】内容,后续软件读取的必须项(至于为什么是这种格式,需要自己思考和探索哈):①补充原子个数;②原子名的代码修改;③空一行