目前教程中有eqtl-GWAS和GWAS-GWAS两种模式,其他模式比较少见,还未进行开发
数据类型cc为分类变量即case/control,quant为连续变量,eqtl数据默认quant
coloc.abf有两个比较需要注意的点,就是数据集中N是代表样本量,当表型为分类变量(cc)时,需要传入s(case占总样本量的比值)
PP.H0 | 表型1与表型2在区域减的所有SNP无显著相关 |
PP.H1/2 | 表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关 |
PP.H3 | 表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关,但是不同的因果变异位点 |
PP.H4 | 表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关,且是同一个因果变异位点 |
结果只需要查看后验概率PP.H4,代表两个性状在同一个位点的后验概率,范围在0-1之间,越高越好
部分文章也会参考H3+H4