安装

#下载安装包
wget -c https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/Trinity-v2.15.1/trinityrnaseq-v2.15.1.FULL.tar.gz

tar -xzvf trinityrnaseq-v2.15.1.FULL.tar.gz
cd trinityrnaseq-v2.15.1
make
make plugins
#安装依赖
mamba install -c bioconda bowtie2 jellyfish salmon samtools

使用

#单个文件
Trinity --seqType fq --max_memory 50G \
         --left reads_1.fq.gz  --right reads_2.fq.gz --CPU 6

#多个文件
 Trinity --seqType fq --max_memory 50G  \
         --left condA_1.fq.gz,condB_1.fq.gz,condC_1.fq.gz \
         --right condA_2.fq.gz,condB_2.fq.gz,condC_2.fq.gz \
         --CPU 6