R包的4种安装方式及常见问题解决方法

R包的四种安装方式
- - 1. install.packages()
  - 2. 从Bioconductor安装
  - 3. 从本地源码安装
  - 4. 从github安装
常见问题的解决
- - 1. 版本问题
  - 2. 网络/镜像问题
  - 3.缺少Rtools

R包的四种安装方式

1. install.packages()

对于R自带的包的安装一般都可以通过该函数进行安装，在双引号中写入需要安装的包的名字即可。

install.packages("ggplot2")

2. 从Bioconductor安装

对于一些来自于Bioconductor的包，通常可以通过BiocManager进行安装。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

3. 从本地源码安装

有时由于R版本限制或者网络问题无法在线安装R包时，可以把R包的安装包下载到本地用源码进行安装。首先需要将安装包下载到本地，然后采用以下代码进行安装。

install.packages("D:/R-4.4.1/library/ggstance_0.3.7.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

注意，在使用该方法进行安装时，不同于其他在线安装方法，本方法安装时附加包无法自动安装，因此会遇到如下附加包不存在的问题，因此需要首先进行附加包的安装再重新安装目标包。
在这里插入图片描述比如在安装ggstance时，根据报错信息：依赖包dplyr不存在，因此首先安装dplyr

install.packages("plyr")

在这里插入图片描述
之后重新安装ggstance就没问题了。

4. 从github安装

有一些包只有github版本，或者github版本比官方版本更新更及时，因此我们避免不了要从github进行安装。

# 安装并加载devtools
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("hadley/ggplot2")

常见问题的解决

1. 版本问题

此类问题一般会提示 package “xxx” is not available ( for R version 4.3.0)，对于初学R的人来说，最简单的方法就是重新安装新版本的R，一般来说这个方法都能解决该问题；另外，若重新安装R之后该问题还是没解决，那么推荐使用源码安装的方法安装该R包。

2. 网络/镜像问题

此类问题的报错一般是 无法打开URL"http://xxxxxx" 等，一般都是由于网络或者镜像问题造成的该错误，因此首先要检查网络是否可以正常使用，排除该问题后，可以考虑采用以下方法查看并更换合适的镜像（国内一般使用清华镜像）：

# 查看当前镜像
options(repos = c(CRAN = "http://cran.rstudio.com/"))
# 更换镜像
chooseCRANmirror()
## 直接更换为清华镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

3.缺少Rtools

此类问题的报错一般为：Rtools is required to build R packages but is not currently installed ；这是由于部分R包的安装与使用需要用到Rtools，这是一个用于Windows操作系统的软件包，为R语言提供一系列构建和安装源代码包的工具；当缺少该工具时，我们需要首先安装Rtools并配置好相应的环境变量才能够正常使用。

下载Rtools：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
（注意：需要下载与自己的R环境对应版本的Rtools）
安装Rtools：下载后双击按照提示安装即可，在安装过程中，一般会有一个步骤询问是否要将rtools添加至环境变量中，要在此步骤中勾选该选项，这样安装好之后才能够正常使用。如果在安装过程中没有进行该选项的选择，那么需要手动将其添加至环境变量中。
重启R或Rstudio
安装好之后，需要重新启动R或Rstudio