数据加载

①单细胞学习-数据读取、降维和分群_subset函数单细胞群-CSDN博客‘

#2024年6月20日 单细胞组间差异分析升级#
rm(list = ls()) 
library(Seurat)#数据加载（在第一步已经处理好的数据）
load("scedata1.RData")#这里是经过质控和降维后的单细胞数据
table(scedata$orig.ident)#查看样本组别及细胞数
table(Idents(scedata))#查看各种类型细胞数目
#prop.table(table(Idents(scedata)))
table(Idents(scedata), scedata$orig.ident)#每个样本不同类型细胞数据

UMAPPlot(scedata,label = T)##UMAP降维展示

分组可视化

#添加样本分组
table(scedata$orig.ident)#查看样本组别及细胞数
#BM1  BM2  BM3  GM1  GM2  GM3 
#2754  747 2158 1754 1528 1983 
scedata$group <- ifelse(scedata$orig.ident %in% 
                          c("BM1","BM2","BM3"), "BM&#