InnoDB和MyISAM是MySQL中比较常用的两个执行引擎，MySQL在 5.5 之前版本默认存储引擎是 MyISAM,5.5 之后版本默认存储引擎是 InnoDB，MYISAM适合查询以及插入为主的应用，InnoDB适合频繁修改以及涉及到安全性较高的应用。

如果应用需要高度的数据完整性和事务支持，那么InnoDB是更好的选择。所以频繁修改及数据安全性的情
况适合。
如果应用主要是读取操作，或者需要高效的全文搜索功能，那么MVISAM可能更适合。所以查询频繁的适合。

他们主要有以下区别:
一、InnoDB支持事务，MyISAM不支持
二、InnoDB 是聚集索引，MVISAM 是非聚集索引。MyISAM是采用了一种索引和数据分离的存储方式Innodb的聚簇索引中索引和数据在一起。
二、InnoDB支持外键，MyISAM不支持
四、InnoDB 最小的锁粒度是行锁，MVISAM 最小的锁粒度是表锁
五、InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引(5.6之前不支持全文索引)
六、InnoDB中不保存表的行数，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可
七、对于自增长的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中可以和其他字段一起建立联合索引
八、清空整个表时，InnoDB是一行一行的删除，效率非常。MyISAM则会重建表