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前言

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一、数据集

数据下载链接见文章顶部

数据：

library(readxl)

data <- read_excel("fig3_line.xlsx", sheet = "Sheet1")

二、ggplot2画图

1、全部代码

library(ggplot2)

pic =
    ggplot(data, aes(x = x, y = y, group = Species, color = Species)) +
    geom_line(linewidth = 1.5) +
    # 主题设置
    theme_classic() +
    # 轴设置
    theme(axis.text = element_text(size = 20)) +
    theme(axis.title = element_text(size = 22)) +
    coord_cartesian(xlim = c(0, 10)) +
    ylab("Percent") +
    xlab("Production") +
    scale_y_continuous(labels = scales::percent) +
    scale_x_continuous(breaks = seq(0, 10, by = 2)) +
    # 图例设置
    theme(legend.title = element_blank()) +
    theme(legend.text = element_text(size = 18, face = "italic")) + 
    theme(legend.position = c(.68, .78)) +
    # 颜色
    scale_color_manual(values = c('#73c0de', '#5470C6', '#3ba272', '#fac858', '#ee6666', '#fc8452', '#9a60b4', '#ea7ccc'))

jpeg(filename = "test3.png", width = 3300, height = 3000, res = 600, quality = 100)
pic
dev.off()

2、细节拆分

1）导包

library(ggplot2)

2）创建图形对象

pic =
    ggplot(data, aes(x = x, y = y, group = Species, color = Species)) +
    geom_line(linewidth = 1.5)

• 设置 x 轴为列 x，y 轴为列 y，按物种类型为线条着色。
• geom_line 用于绘制线图，并通过 linewidth = 1.5 参数设置线条的宽度为1.5个单位（毫米）。在老版本的 ggplot2 中是通过 size 参数调整线宽的，即 size = 1.5，而在新版本中，推荐用 linewidth 替换 size。

3）主题设置

theme_classic()

• theme_classic 指定经典主题。

4）轴设置

theme(axis.text = element_text(size = 20)) +
theme(axis.title = element_text(size = 22)) +
coord_cartesian(xlim = c(0, 10)) +
ylab("Percent") +
xlab("Production") +
scale_y_continuous(labels = scales::percent) +
scale_x_continuous(breaks = seq(0, 10, by = 2)) +

• 设置轴刻度字号20，轴标题字号22。
• coord_cartesian(xlim = c(0, 10)) 用于限制 x 轴坐标轴的范围，只显示从0到10的区间。这意味着即使数据中存在超出这个范围的值，图形也只会显示在这个范围内。该函数与xlim(0, 10)的区别是：xlim 函数会先删除超出范围的数据点再绘制；而 coord_cartesian 函数会用所有的点绘制，但只展示 y∈[0,10] 区间的图像。在本图中用这两个函数绘制效果没有区别，但在绘制箱线图时，这两个函数绘制的图中中位数和四分位点可能截然不同。
• xlab 设置 x 轴标题，ylab 设置 x 轴标题。
• scale_y_continuous() 函数用于设置y轴的连续型变量的比例尺。
  labels = scales::percent 表示将y轴的标签格式化为百分比形式，即将数值乘以100并加上百分号符号。
• scale_x_continuous() 函数用于设置x轴的连续型变量的比例尺。
  breaks = seq(0, 10, by = 2) 表示设置x轴刻度的位置。在这个例子中，刻度位置从0开始，每隔2个单位设置一个刻度，一直到10。

5）图例设置

theme(legend.title = element_blank()) +
theme(legend.text = element_text(size = 18, face = "italic")) + 
theme(legend.position = c(.68, .78))

• 设置图例标题为空。
• 设置图例字体为18号斜体。
• .68 和 .78 即 0.68 和 0.78，表示图例中心点位置相对于整个图表的坐标系的百分比。

6）颜色

scale_color_manual(values = c('#73c0de', '#5470C6', '#3ba272', '#fac858', '#ee6666', '#fc8452', '#9a60b4', '#ea7ccc'))

• 分别为每个物种类别的线条指定颜色。

7）保存图片

jpeg(filename = "test3.png", width = 3300, height = 3000, res = 600, quality = 100)
pic
dev.off()

• jpeg 函数打开了一个JPEG设备，设定了图片的保存路径为 “test3.png”，图片的宽度为3300像素，高度为3000像素，分辨率为600 dpi，图片质量为100%。
• pic 是之前生成的图形对象。
• dev.off() 关闭了之前打开的图形设备，保存了图片到指定路径。这是在完成图片保存后必须执行的步骤，以确保保存的图片被正确地输出。