颜色指定使用的命令为：PlotStyle

填充的透明度使用的命令为：FillingStyle

示例代码：

Clear["Global`*"]
Plot3D[{Sin[x^2 + y], Sin[x^2 - y]}, {x, -2, 2}, {y, -2, 2}, 
 PlotStyle -> {Directive[Red, Specularity[White, 100]], 
   Directive[Green, Specularity[White, 100]]}, 
 FillingStyle -> Opacity[0.9], Mesh -> None, PlotPoints -> 25]

示例结果：

或者：

示例代码：

Clear["Global`*"]
Plot3D[{Sin[x^2 + y], Sin[x^2 - y]}, {x, -2, 2}, {y, -2, 2}, 
 PlotStyle -> {Directive[Red, Opacity[5/10]], 
   Directive[Green, Opacity[5/10]]}, Mesh -> None, PlotPoints -> 25]

示例结果：