箱线图 - 一步绘制

绘图时通常会碰到两个头疼的问题：

1、有时需要绘制很多的图，唯一的不同就是输入文件，其它都不需要修改。如果用R脚本，需要反复替换文件名，繁琐又容易出错。 (R也有命令行参数，不熟，有经验的可以尝试下)

2、每次绘图都需要不断的调整参数，时间久了不用，就忘记参数怎么设置了；或者调整次数过多，有了很多版本，最后不知道用哪个了。

为了简化绘图、维持脚本的一致，我用bash对绘图命令做了一个封装，通过配置修改命令行参数，生成相应的绘图脚本，然后再绘制。

首先把测试数据存储到文件中方便调用。数据矩阵存储在boxplot.normal.data、sampleGroup和boxplot.melt.data文件中 (TAB键分割，内容在文档最后。如果你手上有自己的数据，也可以拿来用)。

使用正常矩阵默认参数绘制箱线图

# -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header
      列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data

箱线图出来了，但有点小乱。

# -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header
      列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本
# -P: none, 去掉legend (uppercase P)
# -b: X-axis旋转45度
# -V: TRUE 绘制小提琴图
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -P none -b 45 -V TRUE

绘制单个基因的小提琴图加抖动图

-q: 指定某一行的名字，此处为基因名，绘制基因A的表达图谱

-Q: 指定样本分组，绘制基因A在不同样品组的表达趋势

-F Group: sampleGroup中第二列的名字，指代分组信息，根据需要修改

-J TRUE: 绘制抖动图 jitter plot

# -L: 设置X轴样品组顺序
# -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'": 指定每个箱线图的颜色
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -q A -Q sampleGroup -F Group -V TRUE -J TRUE -L "'zygote','2cell','4cell'" -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'" -P none

使用melted矩阵默认参数绘箱线图

# -f: 指定输入文件
# -m TRUE: 指定输入的矩阵为melted format
# -d Expr：指定表达值所在的列
# -F Rep: 指定子类所在列，也就是legend 
# -a Group：指定X轴分组信息
# -j TRUE: jitter plot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -F Rep -a Group  -j TRUE

# 如果没有子类，则-a和-F指定为同一值
# -R TRUE: 旋转boxplot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -a Group -F Group -J TRUE -R TRUE

参数中最需要注意的是引号的使用：

外层引号与内层引号不能相同
凡参数值中包括了空格，括号，逗号等都用引号括起来作为一个整体。