生信人写程序1. Perl语言模板及配置

生物信息领域常用语言

个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java…(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。

生物信息常用语言非常广泛，我常用的有Perl, R, Shell，此外参与网页制作还用过PhP+mySQL，写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言，如果和计算机专业的人交流，对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主，并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。对于生信Perl使用人员有个交流和互相提高的平台，让新人少走点弯路。对于没有任何Perl基础强例建议别入坑，想学生信找Python教程吧，不解释看下图。

TIOBE世界编程语言使用排行
在这里插入图片描述

我们可以看到世界前三是Java, C, C++，大家都听说过；第四是Python，目前在生领领域有取代Perl地位的趋势，目前Perl列第9(世界十大语言之一)下降一位。R语言的数据分析领域有应用越来越广泛，今年上升两位至14名；Shell由于版本和各类较多，在50-100名间有4种，此语言只建议快速解决小问题，不建议写太长的任务，很容易跨平台不兼容。

总结：

生信常用语言：Shell+R+Python/Perl

世界三大语言：Java, C, C++

生信语言的排名：Python 4th, Perl 9th, R 16th

Perl写作环境模板推荐

很多人三行两行或直接命令行用perl直接解决问题，虽然快，但是不容重用和别人使用。因此，良好的写作环境和模板是效率和专业的体现，即提高自己的代码重用性，也方便交流和他人使用。

编程环境IDE

推荐使用：Editplus 4.0，网上到处都是注册机和序列号，随便用，下载址搜不到可以点链接：http://pan.baidu.com/s/1jHJJ1qe 密码：6xm6。优点是可配置模板，可直接编辑服务器脚本(省略上传步骤)，高效的代码调试。

编程模板

是解决常用功能的写作模板，如帮助文档部分(提高代码重用和版本管理，方便其他人使用)，命令行参数管理(可读性的命令行是程序的基础)，程序运行时间统计(项目时间管理)，常用文件读取数据结构样式(方便修改文件输入和输出)等；

下面是实现这样功能的模板：

#!/usr/bin/perl -w
# 加载时间管理，参数管理，文件名和路径处理的基础包，无须安装
use POSIX qw(strftime);
use Getopt::Std;
use File::Basename;

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#命令行参数据的定义和获取，记录程序初始时间，设置参数默认值
#Get the parameter and provide the usage.
###############################################################################
my %opts;
getopts( 'i:o:d:h:', \%opts );
&usage unless ( exists $opts{i} && exists $opts{o} );
my $start_time=time;
print strftime("Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}\n";
print "Database file is $opts{d}\n" if defined($opts{d});
$opts{h}=1 unless defined($opts{h});

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#读入的数据或注释文件，用于与输入文件比较或注释(可选)，提供三种方式
#Read the database in memory(opt)
###############################################################################
#open DATABASE,"<$opts{d}";
# 1. 散列结构数据库，要求数据文件有唯一ID并且无顺序要求
#my %database; #database in hash
#while (<DATABASE>) {
#    chomp;
#    my @tmp=split/\t/;
#    $database{$tmp[1]}=$tmp[2];
#}
# 2. 数组结构数据库，无唯一ID，但有顺序要求
#my (@tmp1,@tmp2); #database in array
#while (<DATABASE>) {
#    chomp;
#    my @tmp=split/\t/;
#    push @tmp1,$tmp[1];
#    push @tmp2,@tmp[2];
#}
#close DATABASE;
# 3. 批量数据文件，读取一批有相似结构的文件
#open a list file
#my %list;
#my @filelist=glob "$opts{i}";
#foreach $file(@filelist){
#    open DATABASE,"<$file";
#    $file=basename($file);
#    while (<DATABASE>) {
#        my @tmp=split/\t/;
#        $list{$file}{nr}++;
#    }
#    close DATABASE;
#}

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#Main text.
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# 正文部分，读取输入文件，列出输入和输入文件的三行作为示例，方便编程处理数据
open INPUT,"<$opts{i}";
#chrm0    snppos1          ref2     mat_gtyp3        pat_gtyp4        c_gtyp5  phase6   mat_all7 pat_all8 cA9      cC10      cG11      cT12      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv
#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113
open OUTPUT,">$opts{o}";
#chrm    snppos          ref     mat_gtyp        pat_gtyp        c_gtyp  phase   mat_all pat_all cA      cC      cG      cT      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv
#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113

my %count;
# h参数用于去除有文件头的行
while ($opts{h}>0) { #filter header
    <INPUT>;
    $opts{h}--;
}
# 输入和输入处理部分，常用按行读取处理并输入，默认按tab分割数据
while (<INPUT>) {
    chomp;
    my @tmp=split/\t/;
    print OUTPUT "$tmp[0]\t$tmp[1]\n";
}
close INPUT;
close OUTPUT;

###############################################################################
#Record the program running time!
# 输出程序运行时间
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my $duration_time=time-$start_time;
print strftime("End time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "This compute totally consumed $duration_time s\.\n";

###############################################################################
#Scripts usage and about.
# 程序的帮助文档，良好的描述是程序重用和共享的基础，也是程序升级和更新的前提
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sub usage {
    die(
        qq!
Usage:    template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num
Function: Template for Perl
Command:  -i inpute file name (Must)
          -o output file name (Must)
          -d database file name
          -h header line number,s default 0
Author:   Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio\@163.com, QQ:42789409
Version:  v1.0
Update:   2017/6/2
Notes:    
\n!
    )
}