8. 基础知识
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语,以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples
目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
8.1.通用基础知识
8.1.1.重新启动模拟
8.1.2.可视化 LAMMPS 快照
8.1.3.从一个输入脚本运行多个模拟
8.1.4.多副本模拟
8.1.5. LAMMPS 的库接口
如构建基础知识文档页面上所述,LAMMPS 可以构建为静态库或共享库,以便可以由其他代码调用、与其他代码以耦合方式使用或通过 Python 接口驱动。
LAMMPS的核心是 LAMMPS
类,它通过其组成的各个类实例的状态来封装模拟程序的状态。因此,使用 LAMMPS 进行计算需要创建 LAMMPS
类的实例,然后单独或从文件向其发送(文本)命令,或者执行修改该实例内存储的状态或驱动模拟的其他操作。这本质上也是 src/main.cpp
文件对独立 LAMMPS 可执行文件所做的事情,从输入文件或标准输入读取命令。
创建 LAMMPS 实例可以直接使用 C++ 代码或通过文件 src/library.cpp
和 src/library.h
中提供的 LAMMPS C 风格接口库来完成。该 C 语言 API 可以在 C 和 C++ 中使用,也是 Python 和 Fortran 接口或 LAMMPS 源代码中包含的基于 SWIG 的包装器的基础。
examples/COUPLE
和 python/examples
目录包含一些用 C++、C、Fortran 和 Python 编写的示例程序,它们展示了驱动程序代码如何作为库链接到 LAMMPS、在处理器的子集(因此其他处理器可同时运行其他代码),从 LAMMPS 获取数据,更改它,然后将其发送回 LAMMPS。
可用 API 的详细文档以及如何使用它们的示例可以在本手册的程序员指南部分找到。