概要

构建进化树有很多可选的算法，其中比较常用的NJ（邻接法），也有基于似然法NL，如下图所示，构建进化树具体方法可以参考我之前写的【软件使用-MEGA】如何基于ML方法构建进化树
此处，基于NJ和ML方法构建进化树比较。主要比较两方面：1. 运算耗时；2.结果比较

对比细节

• 基于NJ方法构建进化树结果

• 输入为fa格式 / 基于plink计算遗传距离矩阵，整理为.meg文件

• 
  此处基于fa格式文件，耗时约30秒，涉及计算遗传距离等过程。

• 基于ML方法构建进化树结果
  输入为fa格式
  
  特点： 1. 运算较NJ法很耗时，需要等一段时间，特别是样本数比较多时，可能需要3h左右。但邻接法可能只需要2分钟以内。

2种方法运算结果，并没有太大的差别。

小结

提示：使用NJ、ML算法构建进化树，最终结果差异不大，但ML构建进化树比较耗时