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进行一些常用的基因功能蛋白及表达的网站查询汇总,方便个人使用
NCBI
National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
查询基因的曾用名和其他ID,以CD274为例,还可以查询
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Ensembl:ENSG00000120217可以查看CCDS序列
Gene: CD274 (ENSG00000120217) - Summary - Homo_sapiens - Ensembl genome browser 111CCDS Report for Consensus CDS (nih.gov)
genecards
CD274 related genes - GeneCards Search Results
可以查看许多蛋白结构相关信息
例如查询蛋白分布位置
查看结构大小:3.3Kda
细节注意:PD-L1 (CD274)靶点介绍及实验小贴士| Abcam中文官网
由于PD-L1蛋白存在多种翻译后修饰,包括多位点糖基化修饰,所以实际检测到的条带大小可能在30-60kDa之间,与理论值20-33kDa有所区别。
HPA数据库
Search: CD274 - The Human Protein Atlas
可以查询相关抗体还有免疫组化数据
HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客
HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析(补全)-CSDN博客
gepia2
GEPIA 2 (cancer-pku.cn)
查询基因表达及相关性数据
cbioporta
cBioPortal for Cancer Genomics
kmplot生存分析
Kaplan-Meier plotter (kmplot.com)
可以查询多个肿瘤在多个数据库中的预后KM情况
奇怪的点:PD-L1是保护因子。应该是PD-L1对预后预测的异质性大。
ualcan
UALCAN (uab.edu)