单位档案室应该使用综合档案管理系统。

综合档案管理系统是一种全面管理各类档案的系统，可以对文书档案、电子档案、纸质档案等进行统一管理和检索。综合档案管理系统可以满足单位档案室的多种需求，包括文书档案的归档、借阅、追溯等功能，同时还可以支持电子档案的数字化管理和存储，方便档案的检索和使用。
相比之下，馆藏档案管理系统主要适用于省市区县综合档案馆对馆藏资源进行管理，对于单位档案室来说，专久智能综合档案管理系统更为适用。