Slicer学习笔记(六十五) 3DSlicer的医学图像数据增强扩展模块

1. 医学图像数据增强扩展模块

基于3D Slicer5.1.0 编写了一个测试医学图像的数据增强测试扩展模块。
扩展模块名:DataAugementation
项目地址:DataAugmentation
下载该项目后,可以将该扩展模块添加到3D Slicer的扩展中。
关于如何给3DSlicer 添加扩展可以看我前面的博客 Slicer学习笔记(十八)添加一个python扩展包 。

1.1. 扩展模块UI

共为数据增强模块配置了:平移变换、旋转变换、高斯滤波、高斯噪声、镜像变换、亮度变换、对比度变换、分辨率变换、伽马变换,共九种变换,并且设置了可调参数控件。
请添加图片描述
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1.2. 数据增强的实现

数据增强的实现,目前底层考虑了batchgenerators、SimpleITK、MONAI三个底层库的实现,还可以添加其他库,比如ITK、VTK等。
希望感兴趣的朋友可以fork代码,完善现有实现,添加其他实现。
请添加图片描述
对于安装后无法直接打开的,可以根据提示安装缺少的依赖库。
比如 batchgenerators,在3D Slicer 的python交互器中输入下面的命令安装依赖库。

pip_install("batchgenerators")

1.3. 数据增强测试

1.3.1. 数据平移变换

数据沿z方向向下平移22.7mm.
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1.3.3 数据旋转变换

沿x轴旋转58.7°
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