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交联质谱 (Crosslinking Mass Spectrometry，Crosslinks) 技术 是一种结合化学交联剂和质谱仪的方法，用于研究蛋白质或蛋白质复合物的空间结构和相互作用。交联质谱技术的基本原理是，通过使用带有两个或多个反应性基团的化学交联剂，将空间距离在交联剂臂长范围内的两个氨基酸通过稳定的共价键连接起来，形成交联肽段。然后，将交联后的蛋白质或复合物进行酶切，用液相色谱 (LC) 分离和质谱 (MS) 分析，鉴定出交联位点，从而获取蛋白质的三维构象信息和相互作用区域。
交联质谱技术有以下几个优点：
- 可以分析任何来源和组成的蛋白质或复合物，无需纯化或结晶。
- 可以在生理条件下进行交联，保持蛋白质的天然状态和活性。
- 可以提供低分辨率的结构信息，为高分辨率技术（如冷冻电镜或 X 射线晶体学）提供补充和指导。
- 可以与其他质谱技术（如氢氘交换和自上而下质谱）结合，提高结构分析的深度和精度。
交联质谱技术也有一些挑战和局限性，主要包括：
- 交联剂的选择和优化，需要考虑交联剂的反应性、臂长、可裂解性、膜通透性等因素。
- 交联数据的分析和解释，需要使用专门的软件和算法，处理大量的质谱数据，鉴定交联肽段，过滤假阳性结果，建立结构模型。
- 交联结果的验证和评估，需要与其他结构生物学方法或理论预测进行比较和整合，评估结构模型的可靠性和一致性。
交联质谱数据，格式如下：
94 2 651 C 0 30 0.85
149 2 651 C 0 30 0.92
280 2 196 A 0 30 0.96
789 C 159 T 0 30 0.67
40 T 27 b 0 30 0.86
424 2 206 A 0 30 0.55
351 2 29 T 0 30 0.84
149 2 196 A 0 30 0.93
761 C 304 T 0 30 0.95
152 2 651 C 0 30 0.94
351 2 832 C 0 30 0.87
206 A 645 C 0 30 0.75
832 C 40 T 0 30 0.85
424 2 23 b 0 30 0.75
这些数据是用 pLink2 软件分析交联肽段的结果。每一行代表一个交联对，由两个肽段或单个肽段组成。
- 第1维和第2维，表示 蛋白质序号 与 蛋白质链名。
- 第3维和第4维，同上，即表示 A链中的a位置蛋白，与B链中的b位置蛋白，相互作用。
- 第5维和第6维，表示 联剂的类型 与 交联剂的臂长。
- 第7维表示为置信度。
0 30 两个字段分别表示交联剂的类型和交联剂的臂长。0 表示交联剂是不可裂解型的，如 BS3 或 DSS2。30 表示交联剂的臂长是 30 埃。这些信息可以帮助确定交联位点的距离限制和交联剂的选择。
根据 PDB 的具体数据分析，即：
832 C 40 T 0 30 0.85
# 832 和 40 是两个交联的蛋白质的编号
# C 和 T 是两个交联的氨基酸的类型
# 0 30 是 交联剂的类型(不可裂解型) 和 交联剂的臂长(30A)
# 0.85 是 交联的置信度得分
C 链:
ATOM 8935 N LYS B 832 32.836 -31.342 -10.994 1.00 87.99 N
ATOM 8936 CA LYS B 832 31.792 -30.773 -10.146 1.00 87.99 C
ATOM 8937 C LYS B 832 32.383 -29.818 -9.113 1.00 87.99 C
ATOM 8938 CB LYS B 832 31.005 -31.881 -9.446 1.00 87.99 C
ATOM 8939 O LYS B 832 31.839 -28.738 -8.874 1.00 87.99 O
ATOM 8940 CG LYS B 832 29.619 -31.457 -8.982 1.00 87.99 C
ATOM 8941 CD LYS B 832 28.834 -32.634 -8.417 1.00 87.99 C
ATOM 8942 CE LYS B 832 27.465 -32.203 -7.911 1.00 87.99 C
ATOM 8943 NZ LYS B 832 26.670 -33.363 -7.407 1.00 87.99 N
T 链:
ATOM 318 N LYS A 40 -13.208 8.496 7.965 1.00 86.11 N
ATOM 319 CA LYS A 40 -14.481 8.796 7.315 1.00 86.11 C
ATOM 320 C LYS A 40 -14.997 10.172 7.725 1.00 86.11 C
ATOM 321 CB LYS A 40 -15.520 7.725 7.649 1.00 86.11 C
ATOM 322 O LYS A 40 -15.444 10.951 6.881 1.00 86.11 O
ATOM 323 CG LYS A 40 -16.791 7.816 6.818 1.00 86.11 C
ATOM 324 CD LYS A 40 -17.646 6.563 6.965 1.00 86.11 C
ATOM 325 CE LYS A 40 -18.797 6.551 5.968 1.00 86.11 C
ATOM 326 NZ LYS A 40 -19.170 5.161 5.569 1.00 86.11 N
149 2 651 C 0 30 0.92
2 链:
ATOM 1220 N LYS A 149 -7.332 7.437 4.175 1.00 81.37 N
ATOM 1221 CA LYS A 149 -6.593 6.846 3.063 1.00 81.37 C
ATOM 1222 C LYS A 149 -6.858 5.346 2.962 1.00 81.37 C
ATOM 1223 CB LYS A 149 -5.093 7.103 3.218 1.00 81.37 C
ATOM 1224 O LYS A 149 -7.052 4.817 1.865 1.00 81.37 O
ATOM 1225 CG LYS A 149 -4.683 8.545 2.960 1.00 81.37 C
ATOM 1226 CD LYS A 149 -3.174 8.725 3.068 1.00 81.37 C
ATOM 1227 CE LYS A 149 -2.764 10.173 2.833 1.00 81.37 C
ATOM 1228 NZ LYS A 149 -1.303 10.378 3.060 1.00 81.37 N
C 链:
ATOM 5214 N LYS A 651 -11.703 -26.851 -24.785 1.00 90.12 N
ATOM 5215 CA LYS A 651 -11.566 -26.520 -26.200 1.00 90.12 C
ATOM 5216 C LYS A 651 -11.113 -25.074 -26.385 1.00 90.12 C
ATOM 5217 CB LYS A 651 -12.885 -26.754 -26.938 1.00 90.12 C
ATOM 5218 O LYS A 651 -10.197 -24.799 -27.163 1.00 90.12 O
ATOM 5219 CG LYS A 651 -13.166 -28.215 -27.254 1.00 90.12 C
ATOM 5220 CD LYS A 651 -14.420 -28.371 -28.106 1.00 90.12 C
ATOM 5221 CE LYS A 651 -14.726 -29.836 -28.388 1.00 90.12 C
ATOM 5222 NZ LYS A 651 -15.953 -29.994 -29.225 1.00 90.12 N
赖氨酸 (Lysine)，单字母是K，是一种常见的氨基酸，占蛋白质中氨基酸的约7%。赖氨酸的侧链含有一个氨基，可以与一些化学交联剂反应，形成交联肽段。交联质谱技术中应用最为广泛的交联反应也是基于赖氨酸侧链氨基的反应。因此，交联质谱数据中的赖氨酸含量可能比其他氨基酸高，这也反映了赖氨酸在蛋白质结构和相互作用中的重要性。
