分子动力学模拟—LAMMPS 模拟(固体和液体)数据后处理软件(六)

图片


================================

记录一下检索到一篇分子动力学模拟数据后处理的软件。

感谢论文的原作者!

主要功能:


Structure Analysis

    • Ackland Jones Analysis

    • CentroSymmetry Parameter

    • Common Neighbor Analysis

    • Common Neighbor Parameter

    • Atomic Structure Entropy

    • Steinhardt Bondorder

    • Radiul Distribution Function

    • Polyhedral Template Matching

    • Identify stacking faults (SFs) and twinning boundary (TBs)

  1. Potential Analysis

    • Generate EAM/alloy Potential

    • Read EAM/alloy Potential

    • Average EAM/alloy Potential

    • Calculate Atomic Force and Energy by EAM/alloy

  2. Melting Analysis

    • Mean Squared Displacement

    • Lindemann Parameter

    • Identify Solid/Liquid Phase

  3. Geometry Structure Creation

    • Generate Standard Lattice Structure

    • Generate Polycrystal

  4. Neighbor Search

    • Neighbor Atoms within Fixed Distance

    • Neighbor Atoms within Fixed Number

  5. I/O

    • Load Dump, Data, POSCAR, XYZ format

    • Export Dump, Data, POSCAR, XYZ format

  6. Other

    • Void Distribution

    • Cluster Analysis

    • Replication

    • Warren Cowley Parameter

    • Identify species

    • Average Atomic Temperature

    • Atomic Voronoi Volume

    • Multi-dimensional Spatial Binning

    • Parallelly Compress file to .gz format


Figure 1

图片

Figure 2

图片

Figure 3

图片

Figure 4

图片

Figure 5

图片


================================

图片

以上是我们分享的一些经验或者文章的搬运,或有不足,欢迎大家指出!

如有侵权,请联系我立马删除!

详细内容(文章题目、文章链接、附件下载)可在微 信 公 众 号原子与分子模拟获取,欢迎大家关注。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:/a/331530.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系我们进行投诉反馈qq邮箱809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

IOS-高德地图连续定位-Swift

使用定位功能需要需要接入高德地图定位Api: pod AMapLocation配置Info 在info中新建一个名为Privacy - Location Temporary Usage Description Dictionary的字典,然后在这个字典下新建Privacy - Location When In Use Usage Description、Privacy - Lo…

【​电力电子在电力系统中的应用​】6 滞环电流控制的PWM整流器 + STATCOM整流器 + APF仿真

【仅供参考】 【2023.06西南交大电力电子在电力系统中的应用】 目录 步骤一:基于滞环电流控制的PWM整流器仿真 1.1 仿真要求 1.2 仿真电路原理及设计 1.2.1 主电路的搭建 1.2.2 控制电路的搭建 1.3 波形分析 步骤二:从PWM整流器到STATCOM仿真 2…

使用ProxySql实现Mysql的读写分离 详细安装步骤 亲测可行

主机ip说明192.168.168.109ProxySql192.168.168.77mysql master(主)192.168.168.78mysql slave(从) 1.下载ProxySql安装包 在192.168.168.109机器上操作 https://github.com/sysown/proxysql/releases/download/v2.5.5/proxysql-2.5.5-1-ce…

阿里云ack集群管理及故障处理

一、集群管理维护 二、常见故障处理 存储: 网络 弹性伸缩 service

Microsoft Word 设置底纹

Microsoft Word 设置底纹 References 打开文档页面,选中特定段落或全部文档 在“段落”中单击“边框”下三角按钮 在列表中选择“边框和底纹”选项 在“边框和底纹”对话框中单击“底纹”选项卡 在图案样式和图案颜色列表中设置合适颜色的底纹,单击“确…

利用蓝图直接提升客户服务体验的方法

简单地说,流程就是按顺序执行的一系列操作过程。每项行动都有一个结果,而这个结果又会成为该序列中下一项行动的输入。客户服务流程的建立目的是为了保持一致性、提高效率并帮助组织管理规模。不过,在实际操作的过程中,他们会遇到…

C#判断输入的数字是否符合货币格式

目录 一、用正则表达式判断输入是否符合货币格式 二、用double.TryParse()判断输入是否符合货币格式 一、用正则表达式判断输入是否符合货币格式 // 判断输入是否货币合格 using System.Text.RegularExpressions; namespace IsCurrency_Format {partial class Program{stati…

直播间的秒杀狂热背后,猫眼电影如何接住10w+并发运营活动?

“倒数,5、4、3、2、1” “10万张!” “20秒没了” 上周末,张家辉和导演马浴柯带着新电影《怒潮》上了疯狂小杨哥的直播间,人数一度冲破80万人。 这次直播,是猫眼电影为新电影《怒潮》准备的一次宣传活动。 随着小…

44.5K Star,简单易用自动化运维监控工具

Hi,骚年,我是大 G,公众号「GitHub指北」会推荐 GitHub 上有趣有用的项目,一分钟 get 一个优秀的开源项目,挖掘开源的价值,欢迎关注。 今天介绍一个开源的自动化运维监控工具,它是一个轻量的开源…

【银行测试】银行项目,信用卡业务测试+常问面试(三)

目录:导读 前言一、Python编程入门到精通二、接口自动化项目实战三、Web自动化项目实战四、App自动化项目实战五、一线大厂简历六、测试开发DevOps体系七、常用自动化测试工具八、JMeter性能测试九、总结(尾部小惊喜) 前言 银行测试-信用卡业…

3D划桨效果,效果请看gif图

纯本地文件的html <!doctype html> <html lang"en"> <head><meta charset"UTF-8"><meta name"Keywords" content""><meta name"Description" content""><title>please…

跨Android、iOS、鸿蒙多平台框架ArkUI-X

ArkUI是一套构建分布式应用界面的声明式UI开发框架。它使用极简的UI信息语法、丰富的UI组件、以及实时界面预览工具&#xff0c;帮助您提升移动应用界面开发效率30%。您只需使用一套ArkTS API&#xff0c;就能在Android、iOS、鸿蒙多个平台上提供生动而流畅的用户界面体验。 一…

Nginx深度解析

Nginx是一个开源的高性能Web服务器&#xff0c;广泛用于提供HTTP服务。 它以其高效能、稳定性和低资源消耗而闻名。 Nginx的核心特性 异步非阻塞事件驱动架构&#xff1a;Nginx的主要优势之一是它的异步非阻塞处理方式&#xff0c;这使得它在处理大量并发连接时非常高效。轻量…

Spring 中 HttpServletRequest 作为成员变量是安全的吗?

在使用spring框架开发的时候&#xff0c;经常会在controller类中看到 HttpServletRequest 对象参数&#xff0c;一般我们都是直接使用&#xff0c;但是它是何时、怎么注入到 spring 容器的呢 &#xff1f;另外以成员变量注入的 request 是线程安全的吗 ? Controller public c…

关于微信小程序 “扫普通链接二维码打开小程序”动态传递多个参数开发过程记录与总结

前言&#xff1a;项目中需要线下 扫描二维码 进入到小程序指定的页面&#xff0c;二维码中 要动态传递多个参数&#xff0c;接下来看看具体怎么实现&#xff0c;整个过程还比较顺利&#xff0c;特把整个过程中遇到的坑点做以总结。 快速跳转官网文档介绍&#xff1a;扫码打开小…

【数据结构】二叉树(遍历,递归)

&#x1f308;个人主页&#xff1a;秦jh__https://blog.csdn.net/qinjh_?spm1010.2135.3001.5343&#x1f525; 系列专栏&#xff1a;《数据结构》https://blog.csdn.net/qinjh_/category_12536791.html?spm1001.2014.3001.5482 ​​​ 目录 二叉树遍历规则 前序遍历 ​…

Pure-admin框架 Pure-table中获取所选中的内容的信息

最近在尝试使用Pure-admin框架来进行开发&#xff0c;正好遇到了多选表格需要获取选中项的id的情况&#xff0c;因为平台介绍说是二次封装 element-plus 的 Table &#xff0c;直接拿el-table的方法来试 在table上设置属性ref"multipleTableRef" let idArr [];mult…

使用Python的pygame库实现下雪的效果

使用Python的pygame库实现下雪的效果 关于Python中pygame游戏模块的安装使用可见 https://blog.csdn.net/cnds123/article/details/119514520 先给出效果图&#xff1a; 源码如下&#xff1a; import pygame import random# 初始化pygame pygame.init()# 设置屏幕尺寸 width…

C# 线程间操作无效: 从不是创建控件的线程访问它--多线程操作

我们在用线程操作的时候&#xff0c;可能会出现异常&#xff1a;线程间操作无效: 从不是创建控件richTextBox1的线程访问它。因为windows窗体控件不是线程安全的&#xff0c;如果几个线程操作某一控件的状态&#xff0c;可能会使该控件的状态不一致&#xff0c;出现争用或死锁状…

springBoot项目打包发布

打包 项目代码编写完成后&#xff0c;在pom.xml文件中引用打包的插件&#xff1a; <!-- 打包插件坐标--><build><plugins><!--打包插件--><plugin><groupId>org.springframework.boot</groupId><artifactId>spring-boot-mave…