在使用Pymol时，每当想对某个部分进行单独操作时，可以通过选中以后，复制该对象并重命名的方式。例如以2j1x.pdb为例，原始导入文件后如下：

移除溶剂

PyMOL>remove solvent

对象选择

右下方的selecting表示选择的类型，默认是Residue，此时可以单击切换到Chains的模式：

选中蛋白链以后，copy该对象并重命名为pro_cartoon：

同样的，再复制一次该对象，并通过A下拉选项里的rename object重命名为pro_surface：

一个对象为cartoon, 一个对象为surface

对象操作

接着就可以对这两个对象进行操作了。

1、Display——Backgroud——white #将背景设置为白色

2、通过S下单选项将pro_surface对象Show as 为surface模式

3、通过C下拉选项将pro_surface对象设为greys颜色

4、设置surface透明度，假设设为60%

5、通过C下拉选项自定义pro_cartoon对象的颜色，最后如下所示：

同理，如果结构中有配体化合物，也可以通过同样的方式选择和复制该新对象并重命名为ligand，然后对其单独进行颜色修改等操作。