pymol--常用指令

1. 导入蛋白质

1)Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件,并命名,我还没试过
      Pymol> fetch proteinID # 直接就加载了 我用的这个

      右边选框,有A S H L C指令

2. 保存图片

  1. 2.1 直接输出PNG,在pymol后输入:

png name.png

进入Script文件查看保存测文件,路径在上一篇的pymol

2.2 设置PNG的参数(仅记录,未实践)

png filename [, width[, height[, dpi[, ray[, quiet]]]]]
  • filename = string(字符串): 文件名称和文件的路径。
  • width = integer or string (整数或字符串): 宽度,单位为像素。如果给定单位后缀英尺或厘米(in, cm),则需要dpi参数。如果只给出 width或 height中的一个,则保留可视化窗口的长宽比,默认是0。
  • height = integer or string(整数或字符串): 高度,默认是0。
  • dpi = float: dots-per-inch 默认为 -1.0 。
  • ray = 0 或 1: 如果为1则在输出png前运行ray,默认是0。
  • quiet = 0 或 1: 如果为1则不输出log日志,默认是 0。

学习文章:

PyMOL作图-输出PNG格式图片_pymol导出图片-CSDN博客

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