中国中医科学院陈同、石河子大学胡圣伟、倪伟及团队在Nucleic Acids Research发表与动物相关的微生物数据CRAMdb，数据库中包含9430种细菌、278种古细菌、2216种真菌和458种病毒等超1.2万种微生物。与同类型其他数据库对比，CRAMdb囊括微生物更加广泛，可以用于“微生物组成”和“微生物关联”分析。
微生物组成旨：在探索不同宿主或不同部位微生物群的分布，用户可以跨宿主或跨样本位点比较微生物的相对丰度和流行度的差异；微生物关联”旨在揭示微生物群在不同表型中的作用，用户可获得两种表型之间具有统计学差异的关联微生物，同时可以进行关联微生物的跨表型比较。
图1 CRAMdb的目标和功能特点
1、微生物流行率跨宿主比较
微生物关联旨在揭示微生物群在不同表型中的作用，用户可获得两种表型之间具有统计学差异的关联微生物，同时可以进行关联微生物的跨表型比较。作为一个例子，分析不同宿主在不同分类学水平上的产甲酸螺（formigenes）的流行率。在宿主的类别水平上，产甲酸螺在“哺乳动物”中最常见，在“鸟类”中最不常见(24.8%)。在宿主的物种水平上，产甲酸螺在 Diceros bicornis 和Nycticebus pygmaeus 中最常见(100%)（图3）。
图2 微生物流行率跨宿主比较
2、在两种表型之间鉴定的相关分类群和跨表型比较
为了深入探索微生物群与动物健康、疾病或生产性状之间的关系，用户可以在选定的项目中确定了两种表型(如健康和腹泻)之间的相关类群，它们指的是在表型之间表现出显著相对丰度差异的类群。用户还可以选择在种或属水平或在两个水平一起展示相关的类群。
图3 在两种表型之间鉴定的相关分类群和跨表型比较
总之，CRAMdb极大地促进了国内外动物微生物相关数据的汇总、储存以及共享，也为未来的实际转化应用奠定了基础。
Tips
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参考文献
CRAMdb: a comprehensive database for composition and roles of microbiome in animals.Nucleic Acids Research,2022.
原文链接
Doi.org/10.1093/nar/gkac973
