馆藏档案管理系统是指传统的档案管理系统，主要包括档案馆内纸质档案的收集、整理、存储、保护、利用等工作。它的主要特点是针对纸质档案的管理，需要建立大量的文件柜、卷宗和保管设备，检索和借阅需要现场操作。

专久智能数字档案管理系统则是基于现代信息技术的数字化档案管理系统，主要包括数字档案的采集、整理、数字化处理、存储、保护、利用等工作。它的主要特点是数字化存储，可以实现远程检索和借阅，提高了档案管理的效率和便利性。
两者的主要区别在于：专久智能馆藏档案管理系统主要针对纸质档案，数字档案管理系统则主要针对数字档案；馆藏档案管理系统需要大量的实体设备进行存储和管理，而专久智能数字档案管理系统则主要依靠计算机软件和网络进行存储和管理；馆藏档案管理系统的检索和借阅需要现场操作，数字档案管理系统则可以实现远程检索和借阅。