AlphaFold又有重大更新了!AlphaFold-latest来了!
🔈:号外号外!Google DeepMind联合Isomorphic Labs在2023年10月31日发布了新一代的AlphaFold(AlphaFold-latest)。
AlphaFold-latest显着提高了准确性和覆盖范围,主要包括了抗体结合结构预测、蛋白质-核酸复合物结构预测、小分子-蛋白结构预测和蛋白质残基的修饰结构预测等方面的重大更新,为加速生物医药研究开辟了全新的可能性。
(但也仅此而已,目前还没有模型、论文或代码)
1. 预测抗体结合结构
AlphaFold-latest改进了 AlphaFold 2.3(2022 年末的更新,已经是一个非常强大的基准!),用于蛋白质-蛋白质结构预测,特别是在结合抗体结构等类别中。
2. 预测蛋白质-核酸复合物结构
“蛋白质-核酸”复合物构成了一些最重要的系统,例如核糖体。对于“蛋白质-DNA”这样的体系,AlphaFold-latest优于RosseTTaFold系统;而对于 RNA 结构预测,似乎差别不是很大。
3. 预测小分子蛋白复合物结构
(我最期待的一部分,简直不给我们做分子对接的留活路,/(ㄒoㄒ)/~~)不过看起来又要颠覆药物研发了!
AlphaFold-latest开辟了开发一种设计与蛋白质结合的小分子化合物的方法新的可能性。AlphaFold-latest在PoseBusters基准测试中优于AutoDock Vina等经典分子对接软件。
在没有真实蛋白质坐标或任何结合口袋信息的情况下,AlphaFold-latest仅使用蛋白质序列和小分子结构信息,就可以预测小分子配体与蛋白的结合构象。从下图可以看出,小分子的预测构象与实验数据十分接近,简直太强大了!!!
4. 预测蛋白质残基的修饰
最后,许多生物过程涉及蛋白质残基修饰,例如蛋白质中的糖基化。AlphaFold-latest可以预测生物分子中所见的一系列特征的结构,例如共价结合的配体、糖基化和修饰残基。
总之,非常期待试用新版本的AlphaFold-latest,是骡子是马,拉出来遛遛!